Logo após a implantação da República, Abílio Magro recebeu uma notificação para entregar ao Governo as atas e o processo do regicídio, e a partir de então perdeu-se o rasto aos documentos. Contudo, Miguel Sanches de Baêna teve acesso a esse processo, a partir do qual chegou a conclusões verdadeiramente perturbadoras. Os juízes e o referido escrivão chegaram a conclusões de tal modo terríveis que Ferreira do Amaral, presidente do Conselho após a queda de João Franco, tentou, afirmando que nada se descobrira, sonegar as provas. O mesmo aconteceu com o seu sucessor, Teixeira de Sousa, e as investigações são suspensas e os processos e atas abafados.
Porquê este silêncio? Não se teria, de facto, descoberto nenhum dado novo e de relevância para o processo, ou, pelo contrário, existiria um forte grupo de pressões avesso ao evoluir das investigações e que tão diretamente influíram nas decisões governamentais? Parece-nos acertada esta última hipótese. E essas pressões manifestam, indubitavelmente, os interesses de determinados setores da oposição. Republicanos, sociedades secretas e, sobretudo, os progressistas dissidentes representam o grosso desse núcleo. Aliás, começa-se, logo após o crime, a falar de um conluio entre dissidentes, na pessoa de Alpoim, e os regicidas. Foram várias as personalidades que o acusaram, e este, com o intuito de esclarecer toda a trama, escreveu: «Só há duas pessoas em Portugal que sabem tudo, eu e outra. Dou-lhe a minha palavra de honra. Não tenho querido dizer nada, porque ninguém sabe, na época em que estamos, o que pode vir a suceder… Mas só eu e outro sabemos em que casa foi a reunião, quem a presidia, e quem trocou ao Buíça o revólver pela carabina. […] Não parece, pois, haver dúvidas algumas sobre a participação dos dissidentes e do seu chefe, José de Alpoim, no regicídio. E se algumas houvesse, ficariam totalmente desfeitas perante uma simples leitura do processo do atentado. Daí a atitude de Ferreira do Amaral e de Teixeira de Sousa em quererem abafar o processo. […] Por isto, podemos hoje afirmar que a hipótese de o atentado ter sido obra de fanáticos exaltados que atuaram isoladamente, como se procurou fazer crer, está fora de causa. O regicídio foi o resultado de um conluio bem planeado e pensado e os factos posteriores demonstram-no. Havia, como tal, razões políticas de fundo, suficientemente fortes, para justificarem a sonegação de provas que pudessem envolver qualquer um dos setores da oposição. A ninguém convinha uma conexão com os assassinos. Daí a resistência sistemática às investigações de Abílio Magro e ao processo do regicídio, cujas terríveis revelações nele contidas não convinham, de forma alguma, a ninguém. E daí também o seu posterior desaparecimento.
A tudo isto não seria também estranha a ação desenvolvida pelos republicanos e pelas sociedades secretas.[…] Da ação-relâmpago dos regicidas fica-nos a certeza de que um rigoroso planeamento estaria por detrás de tudo isto. Nada aconteceu por acaso, tudo foi primorosamente pensado e estudado. Primeiro a carabina que, nas mãos de um atirador excecional, visava o rei, enquanto outros, está provado, com posições laterais, visavam os restantes alvos. Por fim, a pistola de Costa para finalizar o trabalho já iniciado. Podemos por isto afirmar, sem margem para erros, que a hipótese de o de fanáticos que atuavam isoladamente está fora de questão. Dissidentes, na pessoa de José Alpoim, republicanos e sociedades secretas tiveram participação ativa.»
