Três juízes de instrução criminal, com os seus auxiliares, realizaram as investigações sobre a tragédia do Terreiro do Paço: Alves Ferreira, Sousa Monteiro e Almeida de Azevedo. Mas foi Abílio Magro, escrivão na Boa Hora e secretário deste último, quem mais notoriedade adquiriu ao levar para diante as investigações.
Logo após a implantação da República, Abílio Magro recebeu uma notificação para entregar ao Governo as atas e o processo do regicídio, e a partir de então perdeu-se o rasto aos documentos. Contudo, Miguel Sanches de Baêna teve acesso a esse processo, a partir do qual chegou a conclusões verdadeiramente perturbadoras. Os juízes e o referido escrivão chegaram a conclusões de tal modo terríveis que Ferreira do Amaral, presidente do Conselho após a queda de João Franco, tentou, afirmando que nada se descobrira, sonegar as provas. O mesmo aconteceu com o seu sucessor, Teixeira de Sousa, e as investigações são suspensas e os processos e atas abafados.
Porquê este silêncio? Não se teria, de facto, descoberto nenhum dado novo e de relevância para o processo, ou, pelo contrário, existiria um forte grupo de pressões avesso ao evoluir das investigações e que tão diretamente influíram nas decisões governamentais? Parece-nos acertada esta última hipótese. E essas pressões manifestam, indubitavelmente, os interesses de determinados setores da oposição. Republicanos, sociedades secretas e, sobretudo, os progressistas dissidentes representam o grosso desse núcleo. Aliás, começa-se, logo após o crime, a falar de um conluio entre dissidentes, na pessoa de Alpoim, e os regicidas. Foram várias as personalidades que o acusaram, e este, com o intuito de esclarecer toda a trama, escreveu: «Só há duas pessoas em Portugal que sabem tudo, eu e outra. Dou-lhe a minha palavra de honra. Não tenho querido dizer nada, porque ninguém sabe, na época em que estamos, o que pode vir a suceder… Mas só eu e outro sabemos em que casa foi a reunião, quem a presidia, e quem trocou ao Buíça o revólver pela carabina.[…] Não parece, pois, haver dúvidas algumas sobre a participação dos dissidentes e do seu chefe, José de Alpoim, no regicídio. E se algumas houvesse, ficariam totalmente desfeitas perante uma simples leitura do processo do atentado. Daí a atitude de Ferreira do Amaral e de Teixeira de Sousa em quererem abafar o processo. […] Por isto, podemos hoje afirmar que a hipótese de o atentado ter sido obra de fanáticos exaltados que atuaram isoladamente, como se procurou fazer crer, está fora de causa. O regicídio foi o resultado de um conluio bem planeado e pensado e os factos posteriores demonstram-no. Havia, como tal, razões políticas de fundo, suficientemente fortes, para justificarem a sonegação de provas que pudessem envolver qualquer um dos setores da oposição. A ninguém convinha uma conexão com os assassinos. Daí a resistência sistemática às investigações de Abílio Magro e ao processo do regicídio, cujas terríveis revelações nele contidas não convinham, de forma alguma, a ninguém. E daí também o seu posterior desaparecimento.
A tudo isto não seria também estranha a ação desenvolvida pelos republicanos e pelas sociedades secretas. […] Da ação-relâmpago dos regicidas fica-nos a certeza de que um rigoroso planeamento estaria por detrás de tudo isto. Nada aconteceu por acaso, tudo foi primorosamente pensado e estudado. Primeiro a carabina que, nas mãos de um atirador excecional, visava o rei, enquanto outros, está provado, com posições laterais, visavam os restantes alvos. Por fim, a pistola de Costa para finalizar o trabalho já iniciado. Podemos por isto afirmar, sem margem para erros, que a hipótese de o de fanáticos que atuavam isoladamente está fora de questão. Dissidentes, na pessoa de José Alpoim, republicanos e sociedades secretas tiveram participação ativa.»
Ainda no que concerne à mesma questão dos monárquicos, Ramalho Ortigão logo após o 5 de Outubro de 1910 não hesita em afirmar: «A vitória da revolução havia-lhe sido em grande parte ministrada pela tenebrosa cumplicidade do último dos quatro ou cinco ministérios monárquicos, que se sucederam ao assassinato impune do pobre rei D. Carlos, eliminado da existência ao primeiro passo que dava para sair do atoleiro do mais viciado rotativismo e estabelecer extraparlamento, nem de outro modo poderia ser, um árduo regime de honestidade na política do seu reinado.»mi
