Coube à Ordem Terceira da Penitência de São Francisco de Assis a iniciativa da construção da capela de São Francisco, tendo obtido, em 1771 a licença régia necessária para a edificação do templo. Antes mesmo, porém, já em 1765, foram iniciadas as obras de terraplanagem e em 27 de Dezembro de 1766 foi arrematada a obra de alvenaria pelo mestre pedreiro Domingos Moreira de Oliveira, obedecendo ao risco de António Francisco Lisboa, o Aleijadinho. (…) Manuel da Costa Ataíde, conhecido por Mestre Ataíde, pintou o tecto da nave, painéis e outras partes do templo, e procedeu ao douramento da talha da capela-mor.
