Os Ministros de todas as repartições o façam imprimir, publicar e correr. Dado nos Paços do Governo da República, em 20 de Abril de 1911. Joaquim Teófilo Braga, António José de Almeida, Afonso Costa, José Relvas, António Xavier Correia Barreto, Amaro de Azevedo Gomes, Bernardino Machado, Manuel de Brito Camacho».
Nas palavras de Salazar, a Lei da Separação da Igreja e do Estado não era de separação mas de perseguição religiosa, visando declaradamente, a extinção do Catolicismo.
Também sobre o mesmo tema, Guerra Junqueiro escrevia no jornal A Luta: «As atrocidades bárbaras da Lei divorciaram da República as almas crentes e piedosas. Na Lei há mais do que arestas, há garras e colmilhos. E enquanto não lhos quebrarem, não pode haver paz em Portugal.»
Nesta fase tão conturbada, a situação do Clero foi sempre analisada tendo, como pano de fundo, a Lei da Separação do Estado da Igreja. Circulavam muitos receios, especialmente entre os mais pessimistas, que essa Lei iria constituir uma verdadeira Lei de Apropriação por parte do Estado face à Igreja. Quem questionava essa lei era, naturalmente, quem mais com ela sofria. A Folha não acreditava que a referida lei fosse benéfica para a Igreja, muito pelo contrário. Acusava o Governo Provisório de sectarismo e favorecimento nesta matéria. Desejava uma real Lei da Separação que permitisse à Igreja gozar de todos os privilégios que reclamava como pertença do seu domínio, como por exemplo, o direito de propriedade.
Por seu lado as autoridades republicanas não vacilavam. O governo da República destitui de bispo e governador da diocese de Beja, em 18 Abril, assim como o administrador dos bens da sua mitra, Sebastião Leite de Vasconcelos, e manda instaurar contra ele procedimento criminal, considerando, designadamente, que, estando suspenso das suas funções, não poderia ter assinado a pastoral colectiva do episcopado português ao clero e fiéis datada de 24 de Dezembro de 1910.
Também o bispo do Porto, D. António Barroso, tinha sido destituído das suas funções, com proibição de permanecer na área da sua jurisdição pastoral.
Mais tarde, no âmbito da discussão relacionada com a Lei de Separação, os prelados intervêm junto de Afonso Costa, para a situação do bispo do Porto, «para a qual ousamos chamar a esclarecida atenção de vossa excelência»: «Queremos aludir à situação em que se encontra o venerando bispo do Porto, D. António José de Sousa Barroso. Referimo-nos a este nosso irmão e colega no episcopado, que ele tanto tem auxiliado e engrandecido pelas suas preclaras virtudes, pela sua ilustração, pelos primores do seu espírito e pelos inesquecíveis serviços prestados à religião e à Pátria, quer como missionário nas regiões de África, quer como prelado em algumas dioceses do ultramar, e na do Porto, não podemos deixar de manifestar a mais viva, a mais profunda e a mais justificada mágoa, quando pensamos nas tribulações e amarguras que esse varão insigne e zelosíssimo bispo está sofrendo, com o afastamento da diocese que o estima, que o ama e lhe devota entranhado afecto que ânimos agradecidos e corações bem formados não sabem recusar ao seu querido chefe espiritual, ao seu caridoso e bondosíssimo prelado».
A vida complicava-se para os milhares de católicos portugueses. Da fartura de facilidades passavam para uma penúria de direitos.
Mas não eram apenas os católicos que eram atingidos pelos exageros extremistas.
As perseguições e ameaças atingem pessoas de todos os quadrantes políticos, incluindo republicanos de vanguarda.
Em 18 de Janeiro de 1911, Sampaio Bruno, republicano histórico, vê-se obrigado a suspender a publicação do Diário da Tarde, – jornal que tinha fundado no Porto, e começado a sua publicação em 2 de Janeiro – ao ser ameaçado pelo novo governador civil republicano do Porto.
Em consequência de nos seus artigos ter verberado várias agitações políticas ocorridas no Porto, intimidaram-no a comparecer, em 17 de Janeiro de 1911, no Governo Civil, a fim de ser interrogado.
Alguns dias depois, com pedido de publicação, enviou para vários órgãos da Imprensa a declaração seguinte:
«Rogo-lhes o obséquio de darem publicidade no seu jornal a esta declaração que entendo dever fazer, e é de que, desta data em diante, me retiro, completa e absolutamente enojando, da vida política portuguesa.»
Tinham-se passado escassos cinco meses da implantação da República em Portugal.
Antes, a 16 de Outubro de 1910, em carta ao primeiro chefe de governo republicano e seu amigo Teófilo Braga, reagira Ramalho Ortigão à «Revolução de Outubro» da seguinte forma:
«Meu caro Teófilo Braga
O carácter inalteravelmente afectuoso das nossas relações, através de uma íntima convivência de mais de quarenta anos, me anima a dirigir esta carta ao chefe do actual governo da Nação. Sabe muito bem V., conhecendo a minha orientação mental, que, indiferente às formas de governo, nada em política me é mais profundamente antipático do que o votismo e o parlamentarismo, que eu considero os mais destrutivos agentes da capacidade administrativa em democracias insuficientemente educadas para a liberdade. O governo a que V. preside provém da intervenção fortuita de uma elite que distribuiu o exercício das funções pela especialização das capacidades. Esta génese torna para mim particularmente interessante e atraente o seu governo. Não vá porém julgar, meu caro Teófilo, que por meio desta sincera confissão eu venho formular a minha adesão à República, engrossando assim o abjecto número de percevejos que de um buraco estou vendo nojosamente cobrir o leito da governação. Não; pela minha parte eu não presto esse tributo à República. Nunca também o prestei aos políticos monárquicos, de cujos partidos nunca fiz parte, a cujo funcionalismo nunca pertenci, aos quais nunca absolutamente pedinchei o que quer que fosse.
(…)
«Domingo passado – faz hoje oito dias – encontrando-me eu e a minha mulher nesta quinta de uma das minhas filhas, a força pública invadiu a nossa casa, que V. conhece, nos Caetanos. As nossas vizinhas de prédio, vendo sentinelas na escada e dizendo-lhe os agentes da autoridade que iam arrombar a minha porta, deram-lhes a chave de que eram depositárias, o que obstou ao arrombamento. Depois de rebuscados todos os apartamentos e telhados do meu domicílio esses senhores fizeram-me o favor de constatar que eu nem tinha padres escondidos nem munições de guerra depositadas entre os móveis, livros e objectos de arte que no meu lar representam a economia de 50 anos da mais correcta existência e do mais imaculado trabalho. Parece que essa busca tivera por causa a denúncia de que de cima do meu telhado se haviam disparado tiros sobre as tropas da República! Note, meu querido Teófilo, que eu nem peço explicações da caluniosa delação de que fui objecto nem requeiro satisfação do agravo que se me fez. Desejo apenas informá-lo deste episódio familiar.
(…)
Pela parte que pessoalmente me toca nada solicito e nada aceitaria se alguma coisa me oferecesse. Emigro sem armas e quase que sem bagagens para o interior da minha velhice, sendo minha única ambição acabar recolhidamente no meu canto sem empachar o caminho nem estorvar ninguém. Afectuoso abraço do seu velho camarada e amigo
Quinta de S. José, em Linda-a-Pastora, 16 de Outubro de 1910»
Ramalho recusou-se de imediato a secretariar a Academia das Ciências e, remetendo a Teófilo Braga as chaves da Biblioteca da Ajuda, saiu para o exílio em Paris.